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      三代測序,為樣品質控保駕護航

      當前,以PacBio、Nanopore為代表的三代測序技術已成為全基因組測序(WGS)的主流方法。利用無需PCR過程的單分子測序技術,進行長讀長測序,無論是對基因組組裝還是基因組變異檢測,都具有很高的準確率。更可利用測序過程中聚合酶反應的動力學變化,分析基因組學和表觀遺傳學數據,適合于基于多組學研究的應用場景。

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      結合當前大力發展中醫藥研究及產業化的時代大背景,基于全基因組測序及多組學研究的技術,已經成為了中醫藥科學研究的重要推動力。日前,來自醫科大學、中醫科學院道地藥材重點實驗室、以及安諾優達的聯合團隊利用PacBio三代測序技術,發表了一個染色體水平的高質量三七參考基因組,并通過基因組演化分析,鑒定了系統發育與全基因組復制事件對于皂苷合成的影響。

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      三七是五加科人參屬的多年生草本植物,因其廣泛的藥理學作用,在中國近千年的臨床治療中發揮了重要的作用。結合多組學研究數據,研究人員還對三七進行了詳細的轉錄水平分析,揭示了三七的小塊莖形成的基因調控機制,從時間和空間水平上,進一步研究了皂苷的合成和調控。鑒定到了5個糖基轉移酶基因,在三七中催化不同的人參皂苷的形成。

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      文章中所報道的三七全基因組數據為將來進一步研究三七生長特性、栽培、育種以及皂苷合成提供了遺傳數據資源。這一成果發表于核心期刊《Plant Communications》。

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      三代全基因組測序對基因組DNA的濃度、純度有較高要求,只有質量合格的樣品才能進入測序流程,否則將導致錯誤的產生。   

      本文中樣品質控使用了Implen的Nanophotometer?及Qubit 2.0,分別對提取的基因組DNA進行純度及濃度檢測。A260/A280、A260/A230方法為核酸樣品質控的通用方法,同時也是目前的標準方法。Nanophotometer?可以準確的測量A260/A280和A260/A230,提供完整的DNA純度數據,完全符合期刊對于數據完整性的要求。

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      這得益于設備高精度的光學結構,在全波長掃描下可同時獲得全波長數據。無論是NGS,三代測序,還是QPCR,DNA還是RNA,Nanophotometer?都可以令您得心應手,助力您的科學研究。

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      如果您使用基因測序作為研究手段,可根據通量需求選擇Implen的N60或N120系列,實現對少量或大量核酸樣本的質控。N60作為單通道設備,性能出眾,操作便捷;N120可一次測量12個樣品,快速得到準確結果。二者均具有很好的波長精度,適合多波長測量下的比值數據獲取。

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      相信Nanophotometer?超微量分光光度計能夠成為您在基因測序工作中值得信賴的好工具。

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